原发性尿道癌的组织类型按其起源部位而有不同，以鳞状上皮癌占多数,移行上皮癌次之，腺癌较少见。男性尿道舟状窝部覆盖鳞状上皮，阴茎部和球部尿道覆盖假复层或柱状上皮，后尿道则覆盖移行上皮。
阴茎部尿道肿瘤%～%起自球部，约%继发于远侧的尿道狭窄，伴有粘膜鳞状上皮化生，因而发生鳞状上皮癌者居多;腺癌则起源于尿道球腺或Lirttre腺尿道球膜部肿瘤，常侵犯会阴部深层结构，包括阴茎和阴囊皮肤，尿生殖膈和前列腺;舟状窝的肿瘤，可侵犯富含血管及淋巴管的阴茎头;前尿道肿瘤通常转移至腹股沟浅深淋巴结;后尿道肿瘤则转移至闭孔和髂内外淋巴结，但当肿瘤侵犯阴茎或会阴部皮肤时，则可转移至腹股沟淋巴结;尿道癌（尤其是前尿道癌）很少发生务行转移，远处转移的部位最多为肺，次为肝和胃，偶可转移至胸膜和骨。
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