黄韧带骨化的发病原因尚不清楚。一般认为其同局部力学因素、代谢异常、家族遗传等众多因素关系密切。各种使黄韧带的骨附着部负荷异常增强的因素都有可能造成韧带损伤，而反复的损伤累及和反应性修复过程将导致韧带的骨化。
与后纵韧带骨化发病情况一样，黄韧带骨化症在日本、东南亚等以食含糖量较高食物（稻谷类）为主的地区及患有糖尿病人群中多发，可见黄韧带骨化与糖代谢等全身情况有关。许多提出黄韧带骨化实际上属于脊柱韧带骨化症的一部分，也有人提出该病同遗传因素，如HLA抗原系统、种族差异均有关，曾有1例同卵双生儿同时患有黄韧带骨化并发后纵韧带骨化的报道。
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