素和不吸收的磺胺类药物，能有效的治疗和预防实验的田鼠假膜性肠炎和人类的假膜性肠炎，可使粪中难辨梭状芽胞及其霉素迅速消失。因此，万古霉素列为首选抗菌药物。口服每次250～500mg，每日4次。磺胺类药物如sg和pst，口服，每次1g，每日4支。。灭滴灵也能有效地治疗假膜性肠炎，成人剂量每日1.5g，10～15日为1疗程。灭滴灵虽然在上消化道迅速被吸收，但口服后仍能有效地对抗难辨梭状芽胞杆菌，在临床上有使用价值。
近来有学者采用气性坏疽梭状芽胞杆菌多价抗霉素治疗难辨梭状芽胞感染，取得了较好的效果。方法：用50000u加入5%葡萄糖盐水500ml中静滴，1日2次。另外，还有采用高压氧治疗本病。
5.其他治疗方法：试用解痉剂。个别报告对重症患者试用激素，必要时可应用肾上腺皮质激素。有的主张试用消胆胺。在肠道内发挥离子交换作用与梭状芽胞杆菌结合后排出，并可促进回肠末端对胆盐的吸收，以改善腹泻。口服4g，每6小时1次，连服5天。如有顽固性腹泻伴有低蛋白血症和电解质紊乱或出现中毒性结肠扩张，必要时进行手术减压，并行横结肠造口术。忌用止泻剂，以免诱发中毒性结肠扩张。对手术后严重营养不良者，可给予静脉高营养滴注治疗。
6.中医中药治疗
四、预后
大多数患者治疗后可获病痊愈。轻症患者，有的可以自愈。极个别患者经治疗有好转，但可再度发生腹泻。重症者尤其是高龄肠手术后患者，病死率可达50%～70%。近年来由于及时诊断和治疗，病死率已降到30%以下。
