感染的微生物多集中在滑液和滑膜组织.毒力因素如粘附因子可以使细菌定植在关节组织上,如金黄色葡萄球菌产生的粘附因子.由革兰氏阴性菌产生的内毒素（脂多糖）,细胞壁骨架成分,革兰氏阳性菌产生的外毒素,细菌抗原与抗体结合产生的免疫复合物,都会促发炎症反应.多核中性粒细胞（pmn）移行进入关节,吞噬病原体.在吞噬病菌的同时pmn释放的溶酶体酶也造成滑膜,韧带及软骨的损伤.因此,pmn是宿主重要的防线也是引起急性细菌性关节炎的主要因素.其次,慢性感染（如ra）,滑膜可再生修复（形成血管翳）并造成关节软骨和软骨下骨的损伤,即使应用抗生素控制了感染,滑膜炎症仍继续存在.有理论认为感染使软骨变成抗原辅以细菌成分参与免疫调节,造成反应性滑膜炎.
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