男性性交痛，通常有性交中的阴茎头或包皮刺痛、射精时的腹股沟绞痛、射精后的会阴及腰骶部酸痛，以及射精后排尿时尿道灼痛等几种。这么多种疼痛，其原因和性质是不一样的。
性交中的阴茎头或包皮刺痛，可能与包皮过长，而伴侣阴道润滑不足，牵拉力过强有关;也可能是包皮系带短，因牵拉受伤而疼痛;如果阴茎头或包皮出现炎症，或是女方有阴道炎，也会造成男性的疼痛。这种性交痛可防可治，做个包皮环切术或包皮系带成型术，治好双方的炎症就能解决。
射精疼痛主要与生殖道感染炎症，如前列腺炎、精囊炎等有关，射精管出现结石梗阻和先天性梗阻也会造成射精疼痛。前者可以通过控制感染缓解，后者可以手术治愈。
男性在射精后出现轻度、短暂的会阴、腰骶部不适也不少见，多数能自行缓解。只有疼痛较剧烈，持续时间过长时才算是病态。生殖道感染炎症，(骨)盆底肌肉韧带充血、炎症等都可能造成这种状况。通常需要使用消炎镇痛药物，还可以进行理疗。
多数男子在射精后排尿时可能有尿细和尿道灼痛的状况，一般在数分钟至数十分钟内缓解。如果疼痛持续时间过长，应考虑尿道或前列腺感染炎症的可能，需要做相应的检查和治疗。
中年男性阴茎疼痛的病因还可能是“阴茎硬结症”，它由阴茎白膜和海绵体纤维化改变引起，可服药或手术治疗。
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