头痛的部位仅供病灶诊断时参考：普通颅外病变头痛多与病灶分歧，或位于病灶左近，如眼源性、鼻源性和牙源性头痛；青光眼惹起的头痛多位于眼的周围或眼上部。但头颅深部病变或颅内病变时，头痛部位与病变部位则不一定契合。小脑幕以上的病变疼痛多位于病变的同侧，且以额部为多，并向额部放散；小脑幕以下肿瘤时，头痛多位于后枕部。
急性感染性疾病（中枢神经系统感染或颅外感染性疾患）所惹起的头痛，呈全头痛、弥散性，很少呈放散性。颈部猛烈疼痛伴有颈部强直者，多见于蛛网膜下腔出血、脑膜炎及急性颈肌炎等。
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