典型病例诊断一般不困难，可根据以下各点：(1)青壮年患者，原有肠外结核，特别是开放性肺结核，或与开放性肺结核患者有密切接触史者。(2)有腹泻、腹痛、便秘等消化道症状，并伴有发热、盗汗等全身症状。(3)腹部检查发现右下腹压痛，或伴包块，或出现原因不明的肠梗阻。(4)血液检查：可有中度贫血，白细胞计数正常，淋巴细胞增高，血沉多明显增高。(5)粪便检查：粪便多为糊样，一般不含粘液或脓血，常规镜检可见少量脓细胞和红细胞。粪便浓缩找结核杆菌，阳性者有助于肠结核的诊断，但仅在痰液检查阴性者才有意义。(6)x线检查：钡剂在病变肠段呈激惹征象，排空很快，充盈不佳，而在病变上下肠段的钡剂充盈良好，回肠末段有钡剂潴留积滞。病变肠道如能充盈，可见粘膜皱襞粗乱，肠壁边缘不规则，有时呈锯齿状。也可见肠腔变窄，肠段收缩变形，回肠盲肠正常角度消失。(7)纤维结肠镜检查：一般不作常规检查。如病变累及上段结肠，为了明确溃疡的性质与范围，则对诊断与鉴别诊断有很大帮助。在本病的早期，因症状多不明显，诊断常有困难，有时x线检查也呈阴性，因此在疑为肠结核的患者，应定期随诊或作诊断性抗结核治疗。溃疡型肠结核应与溃疡性结肠炎合并逆行性回肠炎鉴别：后者临床表现以脓血便为主，这在肠结核中极为少见，溃疡性结肠炎如涉及回肠时，其病变累及整个结肠，并以乙状结肠、直肠最为严重，作直肠或乙状结肠镜检查与活组织检查，不难作出诊断。此外，本病还应与慢性细菌性痢疾、肠道恶性淋巴瘤、肠套叠等病鉴别。
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