在采集尿标本送细菌培养和尿常规检查诊断后，应立即用抗生素治疗。目前，多数主张用短程疗法，一般7～14天为1疗程。如果患者对磺胺药过敏，则可服用呋喃口旦啶、先锋霉素iv或肌注氨苄青霉素抗感染治疗。若患者体温升高，全身中毒症状明显，宜选用庆大霉素、氨苄青霉素或先锋霉素进行肌肉注射，或静脉滴注。对病情严重的患者，可联合使用抗生素，如庆大霉素与氨苄青霉素联合用药，对常见的尿感细菌有效，通常治疗2～3天后病情可好转，故临床上常选用。若治疗效果不明显，应参考细菌药敏试验结果更换抗生素。若严重感染、混合感染或耐药菌株出现时，必须联合用药，如对大肠杆菌可选用氨基甙类与第三代头孢菌素合用，变形杆菌可选用半合成广谱青霉素类与氨基甙类合用。耐青霉素的金葡菌感染多运用新青霉素ⅰ或ⅱ与第一代头孢菌素或氨基甙类抗生素。绿脓杆菌感染在治疗上较为困难，多选用半合成广谱青霉素或第三代头孢菌素加氨基甙类抗生素治疗。除了抗生素治疗外，配合服用碳酸氢钠，碱化小便，可减轻或缓解膀胱刺激症状，并可协调和加强庆大霉素等的抗菌作用。患者尿感症状明显时，应卧床休息，调整机体的身心状态，增加抵抗力，鼓励多喝水以增加尿量，促使细菌及炎症渗出物从尿中排泄，疗程结束后应作复查，如尿中无菌，则可认为感染已治愈。
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