即使没有症状，肝功正常，也需要治疗，但不一定服用药物，饮食、运动和消除不良嗜好也可奏效。由于脂肪肝和病因和发病机制较为复杂，因此，迄今尚未找到治疗脂肪肝的特效药。药物在脂肪肝的治疗中只是起辅助作用，脂肪肝患者不应对药物治疗产生幻想，把希望寄托在药物上而不重视其他疗法。大多数降脂药物对肝内脂肪消除作用有限，许多降脂药可以导致肝细胞损伤，因此降脂药在脂肪肝治疗中的作用和地位尚有争论。
脂肪肝治疗仍以综合疗法为主。此病复发率极高，需要长期综合治疗，疗程6mo-1a，或概括临床情况按需进行以巩固疗效。目前认为脂肪肝时常伴有细胞生物膜内脂质含量及组成的变化，磷脂尤其是多不饱和卵磷脂对已破坏的肝细胞膜结构可以进行修复，保持细胞膜的稳定促进肝细胞再生，故称之为生物膜保护剂，也可促进肝细胞内胆固醇和甘油三酯转换成为可转移的形式并进行氧化代谢，减轻肝细胞变性、坏死，改善血液和肝脏的脂质代谢，常用的药物如易善复等。
现在新的观点主张治疗脂肪肝的同时进行抗纤维化治疗，根据一项研究表明脂肪肝可以演变为脂肪性肝炎和肝纤维化，而且这一过程可以逆转的。有良好前景的进入临床应用的抗纤维化药有中西药物，基因转移或反义核酸等技术。中医中药占有的一席地位，不仅对症还可控制病因，去脂、降糖、解酒，促进肝内脂肪消退，减少肝细胞坏死、炎症和纤维化。
总之，用于防治脂肪肝药物很多，大多数需要进一步验证其疗效和安全性。最近研究认为炎症因子、肠源性内毒素血症和脂质过氧化与脂肪性肝炎进展有关，预料有可能应用阻止肿瘤坏死因子等细胞因子的释放或拮抗其活性，保护肝细胞，提高机体抗氧化能力，或者应用抗内毒素制剂进行治疗。
有些可溶性细胞因子受体和中和的抗细胞因子抗体，已被用于实验性酒精性肝损伤及临床酒精性肝病患者的治疗。但还需要进行严格的临床验证确定其是否真正安全有效。肝移植是治疗终末期肝病的方法，脂肪肝发展至终末期肝病，肝移植也不失为一种挽救患者生命的方法。
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