据典型的体征和实验室检查结果诊断并不困难但需与以下情况鉴别：
(一)本病体征不很明显的病人需与正常生理情况相鉴别：如仅在胸骨左缘第2肋间闻及2级吹风样收缩期杂音伴有第二心音分裂或亢进则在正常儿童中亦常见到此时如进行x线心电图超声心动图检查发现有本病的征象才可考虑进一步做右心导管检查等确诊
(二)较大的心室间隔缺损：因左至右的分流量大其x线心电图表现与本病可极为相似体征方面亦可有肺动脉瓣区第二心音的亢进或分裂因此可能造成鉴别诊断上的困难。
但室间隔缺损杂音的位置较低常在胸骨左缘第3第4肋间且多伴震颤左心室常有增大等可资鉴别但在儿童病人尤其是与第一孔未闭型的鉴别仍然不易此时超声心动图右心导管检查等有助于确立诊断。
此外左心室-右心房沟通(一种特殊类型的心室间隔缺损)的病人其体征类似高位心室间隔缺损右心导管检查结果类似心房间隔缺损也要注意鉴别。
(三)瓣膜型单纯肺动脉口狭窄：其体征x线和心电图的表现与本病有许多相似之处有时可造成鉴别上的困难但瓣膜型肺动脉口狭窄时杂音较响常伴有震颤而肺动脉瓣区第二心音减轻或听不见;x线片示肺野清晰肺纹稀少可资鉴别超声心动图见肺动脉瓣的异常右心导管检查发现右心室与肺动脉间有收缩期压力阶差而无分流的证据则可确诊
(四)原发性肺动脉高压：其体征和心电图表现与本病颇为相似;x线检查亦可发现肺动脉总干弧凸出肺门血管影增粗右心室和右心房增大;但肺野不充血或反而清晰可资鉴别右心导管检查可发现肺动脉压明显增高而无左至右分流的证据.
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