HBV感染在中国肝细胞癌患者发生中起到重要作用，且多存在肝硬化基础，因此其抗病毒治疗应综合患者ALT、HBVDNA、肝硬化代偿情况以及肾功能等因素决定治疗方案。
对于合并HBV感染的肝细胞癌患者，外科手术切除或射频消融治疗可导致HBV复制活跃，加重肝功能损害，可视肝功能代偿情况来选择病毒治疗。IFNa既可抗病毒又可以达到抗肿瘤的效果，可延迟肿瘤复发，延长患者的中位生存期。如患者能耐受IFNa治疗，应首选IFNa抗病毒治疗。如患者存在IFNa应用的禁忌症，可根据患者HBVDNA载量、肝硬化代偿情况与肾功能等选择LAM、ADV、ETV与LdT等核苷（酸）类似物治疗。
对于肝功能稳定，接受肝动脉灌注化疗的患者，为防止化疗导致HBVDNA的激活进而损伤肝功能，应在化疗开始前给予核苷（酸）类似物预防性治疗（可参考下文中化疗与免疫抑制治疗患者部分）。晚期肝癌、门静脉主要分支栓塞、无IFNa禁忌症的患者，给予动脉灌注化疗联合IFNa治疗可使患者受益，延长患者的生存期。
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