按病因分类从痰液或经纤支镜刷取物以及支气管灌洗液的镜检和病原体培养，活检肺组织以及血清学检查等有助于辨明感染的病原体。（一）细菌性肺炎1.需氧革兰染色阳性球菌，如肺炎链球菌（即肺炎球菌）、金黄色葡萄球菌、甲型溶血性链球菌等。2．需氧革兰染色阴性菌，如肺炎克雷白杆菌、流感嗜血杆菌、埃希大肠杆菌、绿脓杆菌等。3．厌氧杆菌如棒状杆菌、梭形杆菌等。（二）病毒性肺炎如腺病毒、呼吸道合胞病毒、流感病毒、麻疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等。（三）支原体肺炎由肺炎支气体引起。（四）真菌性肺炎如白色念珠菌、曲菌、放线菌等。（五）其他病原体所致肺炎如立克次体（如Q热立克次体）、衣原体（如鹦鹉热衣原体）、弓形体（如鼠弓形体）、原虫（如卡氐肺孢子虫）、寄生虫（如肺包虫、肺吸虫、肺血吸虫）等。机体免疫力低下者（如艾滋病患者）容易伴发肺部卡氏肺包子虫、军团菌、鸟形分支杆菌、结核菌、弓形体等感染。在上述众多病因中，细菌性肺炎最为常见，约占肺炎的80％。在院外感染的肺炎中，以往致病菌大多数（90％）为肺炎球菌；近二三十年来，由于抗生素广泛应用，致病菌发生很大变化，但仍以肺炎球菌为主（约40％），其余还有金黄色葡萄球菌、嗜肺军团菌、流感嗜血杆菌、肺炎克雷白杆菌。在非细胞感染中，病毒性、支原体肺炎很常见，后者约占成人肺炎的20％，在密集人群中可高达50％。近年来肺真菌病发病率亦逐渐上升，如白色念珠菌、曲菌等。在医院内感染所致细菌性肺炎中，肺炎球菌约占30％，金黄色葡萄球菌占10％，而需氧革兰染色阴性杆菌（绿脓杆菌、肺炎克雷白杆菌、流感嗜血杆菌、肠原杆菌、硝酸盐阴性杆菌等）则增至约50％，其余为耐青霉素G的金黄色葡萄球菌、真菌和病毒。一些以往较少报道的病原体（如军团菌、卡氏肺孢子虫、衣原体等）相继出现，一些非致病菌也在适宜条件下成为机会致病菌。住院病人多数免疫功能低下，加以使用抗癌药物、免疫抑制剂等，以及多种医源性因素（如留置各种导管、辅助呼吸、雾化吸入等的污染）和抗生素的不恰当使用，以致病原体更趋复杂多变。革兰染色阴性杆菌肺炎的病死率仍高（30％－40％），老年及重危患者尤为难治。住院病人有的已有严重创伤、多脏器衰竭、营养不良和酸碱及电解质平衡紊乱，故诊治肺炎的同时还要全面兼顾，采取综合措施。物理化学和过敏因素亦可引起肺炎。放射线可以损伤肺组织，表现为炎性反应，接受剂量愈大（超过20Gy），放射性肺炎程度愈严重，可以发生肺广泛纤维化。吸入化学物质，包括刺激性气体和液体，可以发生支气管及肺损伤，严重的化学性肺炎可发生呼吸衰竭或呼吸窘迫综合征。机体对某些过敏原（外界侵入时、感染性的或自身免疫性的）发生变态反应或异常免疫反应，肺部形成嗜酸性粒细胞浸润症，可为斑片、云雾状散在或游走性病灶，血嗜酸性粒细胞增多，伴有轻或重的呼吸系统症状。
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