新生儿生殖器疱疹多在患儿产时或产后不久被感染，婴儿出生时无异常，多在生后5～10天发病，可表现为全身各器官的病变。
全身播散由病毒血症发展为脏器广泛受累，可涉及皮肤、肺、中枢神经、肾上腺、气管、食管、心脏、肾及脾等。临床症状与新生儿败血症相似，可表现为发热、苍白、呼吸窘迫或暂停、惊厥、嗜睡、烦躁、高胆血症、休克及DIC等。此型病例预后差，病死率可达80%，存活者都留有神经系等后遗症。近年采用抗病毒药治疗，病死率降至15%～20%，但有40%～55%病例发生后遗症。
局部病变可能局限于皮肤、眼及口黏膜，如不及时采用抗病毒治疗，也可发展为全身播散型。眼病变表现为角膜结膜炎，晚发视网膜脉络膜炎，伴或不伴小眼球、白内障。或有脑炎症状，病儿临床表现为发热、嗜睡、烦躁、尖叫、昏迷、惊厥，前囟隆起等。B超声、CT或脑电图常显示颞叶局灶病变。
新生儿生殖器疱疹还可引起单纯肺炎或播散型伴肺炎健康搜索，表现为呼吸窘迫，可迅速发展为呼吸衰竭。肺部X线多表现为间质性或网状颗粒状病变。
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