生殖器疱疹应同以下疾病相鉴别：
（1）龟头包皮炎：潮红、糜烂，但很少出现水疱，可有渗液，包皮水肿不能上翻，有时有脓性分泌物。依据不同的病因可分为外伤性龟头炎、接触性龟头炎、感染性龟头炎、念珠菌性龟头炎、阿米巴性龟头炎、滴虫性龟头炎、浆细胞性龟头炎等。
（2）一期梅毒（硬下疳）：一期梅毒有生殖器糜烂，但在暗视野显微镜下可查到梅毒螺旋体，梅毒血清反应阳性。
（3）淋病：也可发生龟头包皮炎，但主要表现为急性化脓。
（4）固定红斑性药疹：常常由于口服磺胺类药物或止痛类药物引起。发生于阴部，有红肿、破溃、糜烂，有复发，要仔细地询问用药史。
（5）生殖器部位接触性皮炎：生殖器部位接触性皮炎可引起水疱、糜烂及结痂，但有接触过敏史者炎症超过水疱及糜烂的范围。
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