生殖器疱疹可以靠不洁性交史、生殖器部位出现疼痛性红斑、水疱、溃疡等做出诊断，但有资料报道靠典型的临床症状、体征而得出的诊断仅占HSV-2感染的20%左右，因此实验室检查很重要。
目前常用的实验室检查有4类：
(1)培养法：方法是从皮损处取材进行组织培养分离病毒，此法特异性高，所需时间为5~10天。但此法技术要求高，价格昂贵，目前一般医院很难开展。
(2)细胞学方法：对皮损刮片作染色，可检出HSV感染的特征的巨细胞病毒，缺点是不能区分HSV感染或水痘一带状疱疹病毒感染。
(3)免疫学检测：HSV抗原检测和HSV抗体检测。
(4)基因诊断：一是核酸分子杂交技术；二是PCR技术，此法敏感性高，特异性强，可作为早期诊断，同时对无症状HSV携带者和潜伏感染的检测有意义。
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