生殖器疱疹的亚临床感染者通常表现出较轻的临床症状或者症状不典型，有的患者甚至没有发病症状，因此诊断较为困难。为防止忽视疾病症状造成生殖器疱疹病毒的传播，一般建议患者进行以下几种实验室检查来确诊。
病毒分离培养
从皮肤和黏膜破损处取样，作病毒分离和培养，此法可有效检查是否感染病毒，敏感性较高。
细胞学检查
在皮肤破损处刮取样本进行涂片检查，检查是否有多核巨细胞以及核内嗜酸性包含体。若IgM阳性可确诊感染，但阴性也不能排除患病，此法常用于初筛检查，敏感性较低。
血清学诊断
检测生殖器疱疹病毒HSV-1与HSV-2抗体，看是否检出生殖器疱疹特异性抗体。此法尤其适用于生殖器疱疹的亚临床感染者，敏感性较高。
电镜检查
取皮肤破损处液体，在电镜下观察是否有病毒颗粒，若发现病毒颗粒，应进一步检查来确认是否为生殖器疱疹病毒，因其与其他疱疹病毒在形态上难易区分。
抗原检测法
通过免疫荧光法、酶联免疫吸附法、放射免疫测定等方法来检测病毒抗原，可用于HSV病毒的进一步鉴定。
抗体检测法
目前广泛应用的是HSV-2抗体检测，如蛋白印迹法，能够准确区分HSV-1与HSV-2，敏感性较高。
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