生殖器疱疹的复发与HSV可以潜伏存在于患者体内，一部分被人体的免疫反应过程所清除，一部分病毒则长期潜伏在人体的三叉神经、骶部神经及迷走神经等的神经节内。神经节内平时缺乏病毒复制所需的核苷酸聚合酶，病毒仅存在而不增加，当患者遭遇外伤、感染、月经和寒冷等刺激时，神经节内出现核苷酸聚合酶，病毒在体内出现复制，并沿神经纤维到达皮肤黏膜，引起疱疹复发或无症状排毒。病毒不能完全清除，长期存在体内，并由于人体免疫力下降而复制是生殖器疱疹复发的根本原因，但其根本的机制目前并不明确。
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