真菌性关节炎在滑膜和关节液中可找到致病真菌，滑膜组织培养比关节液培养阳性率高。如念珠菌病、孢子丝菌病的滑膜液病原菌培养大多是阳性。 X线摄片表现为骨质溶解或骨溶解和骨硬化同时存在，但X线表现很难与其他肉芽肿性关节炎相区别。如念珠菌病X线摄片检查可见2/3患者邻近关节处有骨髓炎。滑膜液病原菌培养阳性可以确立诊断。
