对于发病时间较长的周期性内斜视应与下列疾病进行鉴别。
1.间歇性斜视(internaittent strabismus) 周期性内斜视虽然也具有间歇性的性质，但与一般的间歇性内斜视不同，后者无时间上的周期规律。同时在疲劳、调节及融合遭受破坏的情况下，不会像间歇性内斜视那样，可以由隐斜变为显斜。
2.周期性动眼神经麻痹(cyclic oculomotor paralysis) 主要临床特征为动眼神经的麻痹与痉挛呈周期性交替出现，其周期极短，一般为数秒至数分钟。眼位向外下方偏斜，伴有上睑下垂，瞳孔散大，痉挛时上睑上举或退缩，瞳孔痉挛性缩小，眼位恢复正位。
3.急性共同性内斜视(acute comitant esotropia) 常突然发病，首先出现复视，而后发生内斜视，可表现为内隐斜、间歇性内斜或恒定性内斜视，眼球水平运动正常，各方向复像间距相等，无周期规律性现象。
