对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失;而对于较大的则以手术治疗为先，以防其因身体运动引起缔结扭转或破裂。另外，口服避孕药对于预防巧克力囊肿的复发有一定效果。现在可以采用最先进的腹腔镜，该技术使用冷光源提供照明，将腹腔镜镜头(直径为3-10mm)插入腹腔内，运用数字摄像技术使腹腔镜镜头拍摄到的图像通过光导纤维传导至后级信号处理系统，并且实时显示在专用监视器上。然后医生通过监视器屏幕上所显示患者器官不同角度的图像，对患者的病情进行分析判断，并且运用特殊的腹腔镜器械进行手术。手术时，只需要在患者腹部打开3个0.5～1cm的小孔。恢复后，仅在腹腔部位留有1-3个0.5-1厘米的线状疤痕，只有钥匙孔大小，可以说是创面小，痛楚小的手术。Stryker腹腔镜手术的开展，减轻了患者开刀的痛楚，同时使患者的恢复期缩短，并且相对降低了患者的支出费用，最关键的是能够有效保留输卵管，输卵管保留率达95.65％，为今后生育创造有利条件，非常适合有生育要求的女性。
1、药物治疗：也就是保守治疗，通常是采用性激素进行治疗，原理就是通过抑制雌激素合成，使得异位的内膜出现萎缩。如果病症不大的话，此方法还是可以试一试。但是如果是异位的病症较大的囊肿，在采用药物治疗，几乎没有什么效果了，只能采用手术治疗。
2、手术治疗：视病情等具体情况采用中西结合、卵巢囊肿剥离术等多种治疗方案有效治疗。手术是微创术，开口小，恢复起来快。
