新生儿衣原体感染的治疗使用红霉素类药物效果比较好，在无法排除支原体或军团菌感染时红霉素为首选药物。迄今为止，未见有耐红霉素菌株的报道。氨基糖苷类及β-内酰胺类抗生素一般认为无效，不宜选用。
对孕妇推荐用红霉素2g/d，分4次口服，疗程10～14天，对于家庭成员(尤其是性伴侣)应同时治疗，以减少再感染的机会；如不能耐受红霉素者可选用阿莫西林替代；阿莫西林0.5g，3次/d，疗程10天。
对于新生儿结膜炎，局部可用红霉素软膏，1～2次/d。红霉素50mg/(kg·d)，分2～4次口服，疗程2周。新生儿肺炎用红霉素50mg/(kg·d)，分2～4次口服，疗程2周。阿奇霉素半衰期长，10mg/(kg·d)，1次/d，连用3天，在组织中药物浓度可维持4天，疗效较好。据报道阿奇霉素的不良反应较红霉素小，疗效和病人的依从性均较红霉素好。
