小儿肝炎再生障碍性贫血综合征应按肝炎治疗，同时按再生障碍性贫血做双轨治疗。具体治疗方法如下所述。
1、尽管采用雄性激素、皮质激素、抗生素和积极支持疗法，常不能改变其预后，存活率仅10％左右。但雄性激素和支持疗法早期可使网织细胞增加，而粒细胞、血小板数难以回升。
2、近年来使用免疫抑制药、抗胸腺细胞球蛋白(ATG)、骨髓移植和胚肝等治疗，使存活率明显提高。部分一次免疫抑制疗法无效的病例，重复第2次治疗而获得成功。
3、若免疫抑制疗法失败者应早作骨髓移植，胎儿造血细胞移植可直接刺激骨髓造血功能，输入的胎儿造血细胞越多越好，一般应为骨髓细胞的3～6倍。选择胎龄4～5个月胚肝，因其粒系祖细胞含量达到最高峰，最宜选作移植。
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