洋葱假单胞菌天然对常用的大多数抗生素耐药。它对第一代和第二代头孢菌素及传统的抗假单胞菌青霉素，如替卡西林耐药。头孢他啶(头孢噻甲羧肟)对84.7％的菌株有效，米诺环素对63.5％的菌株有效，早期选择性静脉应用妥布霉素、头孢他啶(头孢噻甲羧肟)、氯霉素、磺胺甲恶唑可能有效，亦可雾化吸入妥布霉素。也有专家指出，尽管洋葱假单胞菌体外药敏试验对大多数抗生素耐药，联合化疗(如氨基甙类抗生素和β-内酰胺类抗生素合用)仍可能有效。这是因为体外抗生素敏感性不能代表肺内炎症反应时的内环境情况，也是体内反应可能是抗生素的综合作用。现在用于洋葱假单胞菌的抗生素敏感试验可能不适当，该菌比铜绿假单胞菌生长慢，30℃时易生长。也可能洋葱假单胞菌的大量生长会影响其他菌的辨别，如金黄色葡萄球菌和流感嗜血杆菌。
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