真菌性巩膜炎最常见的危害是导致前巩膜坏死，引起坏死性前巩膜炎，出现畏光、流泪、咽痛、视力下降以及结膜囊分泌物等。同时容易并发结膜炎、真菌性角膜炎。严重者，因为真菌性角膜炎而导致视力下降，甚至引起失明。混合细菌感染导致眼内容物炎以致眼球萎缩。
