疣状表皮发育不良迄今无特殊疗法，可参照疣的治疗。电干燥法或刮除法能消除较小的皮损，但多数并不满意。可试用液氮冷冻、激光、微波治疗或X线照射等，但过量X线照射对HPV-5引起的皮损可能有致癌作用。发生癌变时，给予抗肿瘤治疗，或用外科手术切除恶性损害。
本病需密切观察有无鳞状细胞癌或癌前期病变的发生，一旦发展要立即手术或其他方法切除。避免过度日光照射，建议使用有效的防晒霜。本病可试用氟尿嘧啶（5-Fu）软膏、也可用聚肌胞注射液肌内注射,每周2次。阿维A酯可试用本病的治疗，且常可获得良好的临床疗效。
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