病毒性肺炎应与细菌性肺炎、传染性非典型肺炎(即严重急性呼吸综合征，SARS)、不典型病原体所致肺炎、肺结核、肺真菌性肺炎等疾病相鉴别。具体鉴别诊断如下所述。
1、细菌性肺炎：以肺炎链球菌肺炎最为常见。
2、传染性非典型肺炎(即严重急性呼吸综合征，SARS)：一种具有明显传染性的肺炎，可累及多个脏器系统的特殊肺炎，它的病原体为一种新的冠状病毒，世界卫生组织命名为SARS冠状病毒。
3、肺结核：常有结核病接触史，痰结核病菌检查是确诊肺结核最特异性的方法，故可用于排除本病。
4、肺真菌性肺炎：如肺念珠菌病、肺曲霉菌病等均有特定的临床特点。
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