肥厚型梗阻性心肌病的并发症有： (1)心律失常：较常见，其中室性心律失常和心房颤动需要治疗。 (2)心内膜炎：发生率较低，是由于血液中的细菌黏附在心脏内血流紊乱处造成的，如主动脉瓣、二尖瓣。 (3)心脏传导阻滞：可发生在窦房结和房室结，较常见，也是影响药物治疗的因素之一。 (4)猝死：较少，其可能没有任何征兆。系统评价可能有助于识别这类高危患者。但却是肥厚型心肌病最为严重的并发症，室性心动过速导致的心室颤动最为常见，严重的心动过缓也是不容忽视的因素。
