本病无明显并发症。如果临床表现为血尿伴蛋白尿，常是肾小球疾病的典型表现，也常见于非静止性(进展性)肾小球疾病。由于其不伴有高血压、水肿及肾功能减退，一般临床症状较轻故无明显并发症。另外，无症状性血尿和蛋白尿可长期持续不变，如果是某种疾病的早期表现，会随疾病进展出现其原发疾病的临床表现。此时就不宜再诊断为隐匿性肾小球肾炎，而应诊断为相应的疾病，如肾小球轻微病变、轻度系膜增生性肾炎、局灶增生性肾炎、IgA肾病及早期膜性肾病等。
