根据腹泻、黏液脓血便、反复粪便检查无病原体，并经仔细鉴别而排除有关疾病后，可做出初步诊断。诊断困难时，可做X线钡剂灌肠和结肠镜检查。直肠、结肠黏膜活组织检查并无本病的特征性病理改变，须结合临床资料进行分析，才能做出诊断。
1.乙状结肠镜或结肠镜检查 所见肠黏膜变化与急性菌痢相似，黏膜充血、水肿、脆弱，触之易出血，且呈颗粒状，有小出血点，或多数形状不规则、大小不一致、深浅不等的溃疡，盖以黄白色或血性渗出物。晚期可有肠壁增厚、肠腔狭窄、假息肉形成。活检可找到直肠隐窝脓肿。
2.钡剂灌肠 正常结肠黏膜皱纹消失或紊乱，钡剂停留于小溃疡中可使黏膜呈绒毛状、锯齿状或蛇皮状;结肠袋加深或消失，管壁强直，管腔狭窄，可呈铅管状;肠管缩短;假息肉形成可造成充盈缺损。
3.粪便阿米巴检查及痢疾杆菌培养阴性。
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