1.肠结核 肠结核多继发于开放性肺结核;病变主要涉及回盲部，有时累及邻近结肠，但不呈节段性分布;瘘管及肛门直肠周围病变少见;结核菌素试验阳性等有助于与克罗恩病鉴别。对鉴别有困难者，建议先行诊断性抗结核治疗。有手术适应证者可行手术探查，病变肠段与肠系膜淋巴结病理组织学检查发现干酪坏死性肉芽肿可获确诊。
2.小肠恶性淋巴瘤 原发性小肠恶性淋巴瘤可较长时间内局限在小肠，部分患者肿瘤可呈多灶性分布，此时与克罗恩病鉴别有一定困难。如X线检查见小肠结肠同时受累、节段性分布、裂隙状溃疡、卵石征、瘘管形成等有利于克罗恩病诊断。必要时手术探查可获病理确诊。
3.急性阑尾炎 腹泻少见，常有转移性右下腹痛，压痛限于麦氏点，血象白细胞计数增高更为显著，可资鉴别，但有时需剖腹探查才能明确诊断。
4.其他 如血吸虫病、慢性细菌性痢疾、阿米巴肠炎、其他感染性肠炎(耶尔森杆菌、空肠弯曲菌、艰难梭状芽孢杆菌等感染)、出血坏死性肠炎、缺血性肠炎、放射性肠炎、胶原性结肠炎、白塞病、大肠癌以及各种原因引起的肠梗阻，在鉴别诊断中亦需考虑。
