肛瘘的病因主要是细菌感染。细菌以大肠杆菌、结核杆菌、变形杆菌为主。肛肠医院专家指出：细菌侵犯的部位是肛隐窝、肛门腺导管和肛门腺体。肛门腺感染、化脓，形成肛周脓肿，自然破溃;或经手术切开排脓后，脓肿壁由结缔组织和肉芽组织增生、缩窄成管状，外口缩小，内口继续感染，不能自愈，即成肛瘘。脓肿破溃或切开引流后，常不能治愈。所以，积极及时的治疗很有必要。
除此之外，造成肛瘘的原因还有以下几方面。
1、肛瘘的原因之 肛周脓肿是导致肛瘘的主要因素之一。肛肠专家指出：由于粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛周脓肿，患者常不予以重视，肛周脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，即成瘘管，肛瘘由此形成。
2、肛瘘的原因之 结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。
3、肛瘘的原因之 直肠肛门损伤、外伤。肛肠专家强调：来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛周脓肿，不及时治疗，都可导致肛瘘。 肛瘘久拖不治的危害 肛瘘久拖不治有多种危害。
首先，肛瘘久拖不治，流脓流水，污染内衣，造成病菌滋生，可诱发肛门湿疹、肛门瘙痒等其他肛肠疾病;其次，瘘管会随着时间的推移而逐渐增加，形成高位复杂性肛瘘后难以治疗，易造成肛门失禁等后遗症;再者，肛瘘长期得不到治疗会严重影响患者生活，脓液、粪便污染内衣，臭味儿“如影随形”，给患者工作、生活带来不便。临床证实，肛瘘久拖不治、久治不愈有可能癌变。特别是肛瘘反复发作超过十年以上的患者，癌变率最大。
对于肛瘘的治疗一般来说要根据患者的病情，以及身体条件决定，如果是病情比较严重的情况下，应该采用手术治疗的方式，如果是病情轻微的情况下，最好的治疗方式是药物治疗，以及饮食治疗相结合的方式治疗。
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