急性血源性骨髓炎需与以下的疾病进行鉴别：
一、软组织炎症
早期急性骨髓炎与早期蜂窝织炎、丹毒等软组织炎症常不易鉴别。软组织炎症时全身中毒症状较轻，而局部红肿较明显，压痛较浅。早期急性骨髓炎压痛常发生于长骨干骺端处。以单指检查时，患部四个平面均有深部压痛征，此即肢体圆柱形深部压痛征。软组织炎症时，因病变居于骨骼之一侧，故压痛只限于一个或两个平面，这一点对早期鉴别诊断有重要意义。此外，两者骨扫描所见也不相同。
二、急性化脓性关节炎
肿胀压痛在关节间隙而不在骨端，关节活动度几乎完全消失。有疑问时，行关节腔穿刺抽液检查可明确诊断。
三、风湿性关节炎
为风湿病的一部分，起病缓慢，全身情况(如发热)和局部症状均较轻，常为多关节游走性，血沉、抗O等血液检查常呈阳性。
四、恶性骨肿瘤
特别是尤文肉瘤，常伴发热、白细胞增多、X线示“葱皮样”骨膜下新骨形成等现象，须与骨髓炎鉴别。鉴别要点为尤文肉瘤常发生于骨干，范围较广，全身症状不如急性骨髓炎重，但有明显夜间痛，表面可有怒张的血管。局部穿刺吸取活组织检查，可以确定诊断。
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