手术切除是唯一能够彻底治愈卵巢囊肿的方式，药物一般只是起到辅助，或者是抑制肿瘤生长的作用，当然，不同的病情治疗方式也是不同的，当然，如果不是恶性肿瘤的情况下，手术切除还是比较简单的，不要有较大的心理压力，下面就治疗卵巢囊肿的方式进行介绍：
1. 良性卵巢肿瘤患者：要切除患侧卵巢肿瘤，手术时一定要检查对侧的卵巢情况，如果对侧也有肿瘤则必须切除，同时做病理检查。但术后易复发。恶性肿瘤者：手术是首选方法，其手术范围要广，一般都切除全子宫，双附件加大网膜。手术后还须进行化疗、放疗。
2. 半保守手术：主要是切除子宫及子宫内膜异位病灶，保留卵巢功能。适用于45岁以下，并且无生育要求，或病灶的范围广泛，而且无法保留生育功能者，或合并有子宫肌瘤或子宫腺肌病者。
3. 根治手术：是行全子宫及双侧附件切除术，不保留卵巢功能。如粘连严重行全子宫切除有困难时，可行次全子宫切除或仅切除双侧卵巢。适用于近绝经期，或虽年轻但病情严重者。
4. 内外合治法：本法是个人较为推荐的方法。以内治法补血补气、扶正固本;以外治法逐瘀散结、驱寒行气。因为单以内治法逐瘀散结的话，必然要用到三棱，莪术等破血药，破血必伤血，伤血则血更虚，因此不可取;而单以外治法治疗的话，则不能补血补气，扶正固本，会使事倍功半。
5. 保守手术：包括开腹手术和腹腔镜下手术，手术的范围有分离患者的盆腔粘连，电灼或切除盆腔病灶，子宫悬吊术，卵巢内膜异位囊肿剥出术，合并有子宫肌瘤时同时切除，有严重痛经者，多主张将骶前神经切除。
如果是恶性肿瘤，在手术切除之后，应该注意采取一些辅助治疗措施，一般都是以药物为主，比如中西医结合治疗措施，另外，术后的患者身体一般都比较虚弱，非常容易被细菌感染，因此术后卫生方面要予以重视。
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