虽然男性较少会因为感染衣原体而出现并发症，但如果不加治理，病菌可能会令睾丸发炎疼痛，因而导致不育，若女性染有衣原体而处理不善，病菌可令盘腔发炎，引致不育，病菌又可以由孕妇传染给胎儿，令胎儿的眼睛或肺部受到感染，男女患有衣原体可引致眼睛炎、关节炎及尿道发炎综合症。
1、易并发附睾炎，表现为附睾肿大，变硬及触痛，多为单侧，部分衣原体尿道炎患者的抗沙眼衣原体抗体升高，可直接从附睾抽吸液中分离出沙眼衣原体。
2、累及睾丸可出现睾丸炎，衣原体尿道炎患者表现为睾丸疼痛、触痛、阴囊水肿及输精管变硬变粗。
3、衣原体尿道炎患者累及前列腺时可出现后尿道、会阴及肛门部位钝痛或触痛，可有性功能障碍，直肠镜检可触及有压痛的前列腺。如前列腺明显肿大，可压迫后尿道而出现尿流变细、排尿无力及尿流中断等。
4、衣原体尿道炎还可以合并Reiter综合征，即关节炎、结膜炎、尿道炎三联症。
