小型室间隔缺损患儿可无明显症状，生长发育不受影响，有可能自行闭合，特别是1岁以内。仅体检时发现胸骨左缘第3～4肋间听到响亮粗糙的全收缩期杂音，肺动脉瓣第二音稍增强(即所谓Roger病)。大型缺损出现体循环供血不足的表现，如生长发育落后、呼吸急促，多汗，吃奶费劲常要间歇，消瘦、苍白、乏力，易患呼吸道感染甚至心力衰竭。有时出现声音嘶哑(系扩张的肺动脉压迫喉返神经)，当剧烈哭吵、咳嗽或肺炎时，可出现暂时性青紫。
室间隔缺损的并发症有：
充血性心力衰竭、肺血管病变、肺右室流出道梗阻、主动脉瓣关闭不全、感染性心内膜炎、传导阻滞。
室间隔缺损的并发症——充血性心力衰竭
约10％的患儿发生充血性心力衰竭，尤其是1岁以内的大型缺损患儿。由于大量分流，肺循环血量增加，肺充血加剧，左心房、左心室容量负荷加重，导致心力衰竭。
室间隔缺损的并发症——肺血管病变
大型缺损或伴发其他左向右分流的先天性心脏畸形，随着年龄增长，大量左向右分流使肺血流量超过体循环，肺动脉压力逐渐升高，肺小血管壁肌层逐渐肥厚，肺血管阻力增高，最后导致肺血管壁不可逆性病变，即Eisenmenger综合征。因此大型室间隔缺损应及早进行室间隔缺损治疗。
室间隔缺损的并发症——右室流出道梗阻
多发生于嵴下型室间隔缺损合并有主动脉瓣关闭不全者。右室流出道梗阻主要是漏斗部肌肉肥厚所造成，发生率为6％～13％。随年龄增长而升高，新生儿和儿童很少见，30岁以上的发生率达21％。梗阻发生后，其程度随年龄增长而加重。
室间隔缺损的并发症——主动脉瓣关闭不全
肺动脉瓣下型室间隔缺损易发生主动脉瓣关闭不全。造成关闭不全的原因主要为主动脉瓣环缺乏支撑，高速的左向右分流使室间隔缺损上缘主动脉瓣叶向右室侧脱垂，大部分为右冠瓣。早期表现为瓣叶边缘延长，逐渐产生脱垂。如不及时修补缺损，随着年龄增长，脱垂的瓣叶进一步延长，最终导致关闭不全。如为膜部室间隔缺损伴主动脉瓣关闭不全，常为主动脉瓣叶先天性畸形引起。
室间隔缺损的并发症——感染性心内膜炎
引起感染性心内膜炎的发病率为5％～6％，婴幼儿期少见，学龄儿童和青少年多见。室间隔缺损死于感染性心内膜炎者约2％～3％。小型至中等大小的室间隔缺损较大型者较易发生室间隔缺损的并发症感染性心内膜炎。此种室间隔缺损的并发症主要发病原因是由于室间隔缺损引起血流改变，产生涡流，心内膜受冲击，细菌在该部停留，在损伤的心内膜上繁殖而致病。手术关闭缺损不能预防心内膜炎的发生，甚至可构成心内膜炎的起因，并发心内膜炎治愈后不宜以预防再发而行手术。
室间隔缺损的并发症——传导阻滞
膜部缺损边缘的心内膜继发性纤维化，压迫邻近传导束，产生完全性或不完全性传导阻滞。
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