肥厚型梗阻性心肌病临床症状明显，药物治疗不能起效病情严重者可选择手术治疗，常见的手术方法有经主动脉和左心室联合切口心肌切除术、经主动脉切口心室间隔心肌切除及切开术。
治疗效果为手术死亡率约为10％。常见的死亡原因为低心排血量和左心室切口出血。术后约5％的病例并发完全性传导阻滞，左束支或右束支传导阻滞的发生率更高。
此外少数患者并发围术期心肌梗塞，心室间隔穿破，左心室室壁瘤和医源性主动脉瓣或二尖瓣关闭不全。心室间隔肥厚心肌切除彻底的病例术后症状消失或显著减轻，收缩压差消失，主动脉压力波形恢复正常。超声心动图和选择性左心室造影复查显示左心室腔增大，收缩期二尖瓣前瓣叶前移消失，但心房颤动仍然存在。约90％的患者术后心功能改善到1～2级。术后长期随诊70％的病例生存10年以上，50％生存15年以上。主要死亡原因为充血性心力衰竭或严重心律失常，心房颤动引致脑栓塞或心肌梗塞。猝死的发生率约为25％，较未经手术治疗的患者显著减少。
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