先天性食管闭锁的预防包括以下几方面：
一、重视产科检查。了解孕妇羊水量，由于CEA胎儿不能吞咽羊水，其母亲常有羊水过多史。提示对母亲有羊水过多史的新生儿出生后须常规做进一步检查，以排除CEA。
二、结合临床表现。CEA的典型表现为唾液不能下咽，患儿出生早期即流涎，口吐泡沫，第一次喂奶后可出现呛咳、呕吐、发绀及窒息，易继发吸入性肺炎，表现为呼吸困难。
三、及早插胃管。通过插胃管这项普通的护理操作，可使CEA简单得到诊断。鉴别性插胃管过程中均发现异常，其中有的患者胃管插入8～12cm时出现阻力，胃管盘曲、回返至口腔，有的患者能顺利插入胃管，但注入空气在上腹部未闻及气过水声，而在胸骨上段听诊闻及气过水声，抽吸出液体呈碱性，应警惕此类胃管盘曲在食管闭锁的盲端造成胃管在胃中的错误印象。
在预防上主要是尽量做到早期发现，早期诊断，早期治疗。对伴羊水过多的孕妇应警惕先天性畸形发生的可能。羊水穿刺造影和羊水甲胎蛋白、乙酰胆碱酯酶同时升高有助于产前诊断。若见新生儿唾液过多须经常吸引，应高度警惕本病的可能。此时切忌行所谓“诊断性喂食”，而应行食管插管检查，以避免肺炎发生及尽早明确诊断。
