骨囊肿以手术治疗为主，应将囊膜彻底刮除，并作碎片植骨。局部注射地塞米松亦有显效。如果已发生骨折，因病灶可能自愈，一般不必急于手术。如骨折愈合，病灶继续存在，可进行手术。
近年来，鉴于术后复发率很高，尤其是在活跃期施行手术者要占40％-50％，因此主张尽量延缓手术，待进入潜伏期进行;植骨应紧密，压瘪部分骨壁缩小囊腔有利于病灶愈合。对复发病例可考虑扩大手术范围，将病灶骨壁圆周的l/2—2/3切除，保留骨膜，缺损处用大块植骨处理。尤以肱骨病灶以上述处理较为妥当。放射治疗对本病无效。且有影响骨骼发育及后期并发肉瘤可能，不宜采用。
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