先天性巨结肠是先天性疾病，无有效预防措施。本病的诊断和治疗近年来有了很大进步，患儿若能得到早期诊断早期手术治疗，术后近期远期效果较满意。但有些患儿术后大便次数多或失禁，则需较长时间进行排便训练。先天性巨结肠发病率高，病人通常年龄较小，手术相对复杂，术后可能遗留问题较多，建议病人选择有一定技术水准的专科医院就诊手术，以免后期处理困难。
