引起十二指肠壅积症的原因很多，以肠系膜上动脉压迫十二指肠形成壅积者居多，该情况也称为肠系膜上动脉综合征，其他原因有：
一、先天异常如先天性腹膜束带压迫牵拉而阻断十二指肠，十二指肠远端先天性狭窄或闭塞，环状胰腺压迫十二指肠降段，十二指肠发育不良产生的巨十二指肠，以及十二指肠因先天性变异而严重下垂，可摺拗十二指肠空肠角而使之关闭，从而产生壅积症。
二、肿瘤如十二指肠良、恶性肿瘤，腹膜后肿瘤如肾脏肿瘤、胰腺癌、淋巴瘤，十二指肠的转移癌，邻近肿大的淋巴结、肠系膜囊肿或腹主动脉瘤压迫十二指肠。
三、十二指肠远端或近端空肠浸润性疾病和炎症;如进行性系统性硬化症、Crohn病以及憩室炎性粘连或压迫引起缩窄等。
四、胆囊和胃手术后发生粘连牵拉十二指肠，胃空肠吻合术后粘连、溃疡、狭窄或输入袢综合征。
五、其他先天性畸形如十二指肠倒位、胆囊十二指肠结肠索带所致十二指肠梗阻，十二指肠前门静脉，法特氏壶腹位置异常。
