细菌性肝脓肿出现并发症常使病情加重，且混淆临床征象，导致误诊。 常见并发症为脓肿破裂，向邻近脏器穿破。穿入胸腔产生脓胸及胸膜支气管瘘，或穿入腹腔、心包腔；有时还可穿入胃、十二指肠、结肠、肾、胰腺；少数病例可穿入腔静脉、肝静脉、胸导管或腹壁等，亦可发生栓塞、血栓形成以及其他部位形成脓肿。引起肝内血管破裂由胆道排出即胆道出血者少见。
