中医认为，生殖器疱疹早期属热证、实证，为湿热、毒火阻滞肝脉；后期则伴有肝肾不足。治疗主要是根据症状、体征，结合舌脉，一般将本病分为三型，分别给予不同的治疗方法。
湿热下注
常见生殖器部位水疱成簇，周边有红晕，或有糜烂，有轻痒，可见小便黄赤，口苦，口渴，舌红苔黄腻，脉弦滑。这是由于素日喜肥甘厚味、辛辣之品，或嗜烟酒，损伤脾胃，脾失健运，水湿内蕴，郁而化热，湿热之邪下注肝经所致。湿热蕴积于下焦，注于阴部，发为生殖器疱疹。
治疗法则宜清热除湿，方药常以龙胆泻肝汤加减。水疱大、糜烂渗液者，加生苡仁、茵陈；大便秘结者，加生大黄。
现有中成药龙胆泻肝丸,每次8克,每日3次,温开水送服。
毒热蕴结
阴部疱疹大而红，局部肿胀，疼痛明显，腹股沟淋巴结肿大，或有低热，排尿困难，舌红绛，脉滑数。这是由于不洁性交，外染淫毒，毒热结聚阴部，蕴结于局部皮肤粘膜所致。
治疗法则宜清热解毒，常以方药为清毒神圣汤加减；如出现小便黄赤，排尿疼痛困难者，加马鞭草、天葵子、淡竹叶；淋巴结肿大疼痛者，加地丁、夏枯草。
肾气不足
常见于复发性阴部疱疹，疱疹干涸较小，无自觉症状，但经常复发。这是由于肾气不足，淫毒之邪未尽所致。肾开窍于前后二阴，或由于房劳过度，或由于湿热、淫毒久稽，耗伤肾阴；日久阴损及阳，也可造成肾阳不足。肾阴肾阳是人体最宝贵的物质，统帅着人体全身的阴阳，当肾阴肾阳受损后，人体阴阳就会失调，疾病就容易复发。由于肾气不足故多伴有腰膝酸软，浑身乏力。
治疗法则以补肾为主，佐以解毒除湿。常用方药为六味地黄丸加减。
