及早使用有效抗生素是治愈肺炎克雷白杆菌肺炎的关键。原则为第二、第三代头孢菌素联合氨基糖苷类抗生素，如头孢噻肟钠或头孢他啶静滴合并阿米卡星或妥布霉素肌注或静滴。亦可选择哌拉西林钠（氧哌嗪青霉素）与氨基糖苷糖联用。
部分病例使用氟喹诺酮类、氯霉素等亦有效。也可用氨基甙类抗生，如庆大霉素、卡那霉素、妥布霉素、丁胺卡那霉素，可肌注、静滴或管腔内用药。重症宜加用头孢菌素如孢孟多（cefamandole）、头孢西丁（cefoxitin）、头孢噻肟（cefotaxime）等。哌拉西林（piperacillin），美洛西林（mezlocillin）与氨基甙类联用、以及氧氟沙星疗效亦佳。部分病例使用氯霉素、四环素及SMZ-TMP亦有效。
重症多有肺组织损伤，慢性病例有时需行肺叶切除。机体因其他疾病而免疫力降低的病人容易发生菌血症。当混有其他革兰阴性菌感染时，预后更差。
