肺炎杆菌肺炎的并发症中肺脓肿最常见，其次为脓胸、胸膜肥厚、气胸、心包炎、脑膜炎及多发性关节炎等。严重病例可伴发感染性休克，甚至有因脑水肿而发生脑疝者，并发广泛性肺坏疽、败血症、多器官功能衰竭以及化脓性脑膜炎等等。患者机体已因其他疾病而免疫力降低的病人还容易并发菌血症。当混有其他革兰阴性菌感染时，预后更差。
