肛肠疾病的症状一般都是比较明显的，肛瘘也是如此，在发病初期，最常见的症状就是指肛门的瘙痒，但并不能凭借瘙痒判断是肛瘘，因为瘙痒并不是肛瘘所独有的症状，下面就肛瘘的症状表现进行总结：
1.流脓是主要症状，脓液多少与瘘管长短，多少有关，新生瘘管流脓较多，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓液积存，局部肿胀疼痛，甚至发热，以后封闭的瘘口破溃，症状方始消失。
肛瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。较大的高位肛瘘，因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，常有粪便及气体排出。
2.疼痛瘘管通畅无炎症时常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛。内瘘时常感到直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时感到疼痛。
3.瘙痒由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落。纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。
4.排便不畅复杂性肛瘘口久不愈，可引起肛门直肠周围形成大的纤维化瘢痕或环状的条索，影响肛门的舒张和闭合，大便时感到困难，有便意不尽的感觉。
5.全身症状在急性炎症期和复杂性肛瘘反复发作时，可出现不同程度的发热、或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状。
一般情况下，肛瘘都是由于感染因素所引起，但感染的途径是非常多的，不仅仅包括卫生方面的问题，同时，也有邻近器官炎症蔓延的可能，但相比较卫生感染来说，这方面的病例还是较少的。
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