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常见的并发症有：
营养不良 及维生素缺乏症：腹泻病程较长，如禁食时间过久或长期热量不足，常可引起营养不良和各种维生素缺乏症，消化不良与营养不良可互为因果，往往造成恶性循环，导致不良后果，维生素A缺乏可引起干眼 症及角膜软化症 ;维生素D缺乏可引起手足抽搐症。
感染：常见有中耳炎，口角炎 ，上呼吸道感染，支气管炎，肺炎 ，疖 肿，败血症 ，泌尿道感染及静脉炎 等，各种感染可能成为腹泻的病因，但也有在腹泻之后，由于全身抵抗力降低而继发感染，迁延性腹泻或原有营养不良病儿，容易并发真菌感染，如鹅口疮 ，真菌性肠炎 ，甚至引起全身性真菌病。
中毒性肝炎 ：重型腹泻可能出现黄疸 ，常见于营养不良及重症败血症病儿，预后不良，故中毒性肝炎是腹泻的严重并发症之一。
其他：如急性肾功能衰竭 ，弥漫性血管内凝血 ，感染性休克 ，中毒性脑病等，如处理不当还可发生急性心力衰竭 ，高血钾，中毒性肠麻痹，肠出血，肠套叠 等，偶可见肠穿孔和腹膜炎 。
