病毒感染（45%）
新生儿肝炎大多是由于在母体内感染病毒所导致。一般在出生后1-3周逐渐出现黄疸，而且持续加重。也有的患儿是在生理性黄疸消退以后又再度出现黄疸。同时伴有不爱吃奶、呕吐和体重不增加等表现。大便颜色在出生时正常，以后逐渐变为淡黄色或者灰白色，尿的颜色深黄。包括巨细胞病毒、各种肝炎病毒等。
代谢缺陷（20%）
临床显示有一定量的病例与先天性代谢缺陷有关，如半乳糖血症，α1-抗胰蛋白梅缺乏症等，这些因素会导致新生儿代谢紊乱，产生机体无法代谢的肝毒性物质，损害肝脏，诱发新生儿肝炎。
其他因素（8%）
如胆汁淤积或肝内、外胆道闭锁。
