1.细菌：以大肠埃希杆菌较为常见，致病性大肠埃希埃希杆菌(EPEC)、产毒性大肠埃希杆菌(ETEC)和出血性大肠埃希杆菌(EHEC)都曾发生过新生儿流行性腹泻 ，尤以EPEC是常见的病因，流行性强?有时可引起整个病区婴儿腹泻的流行甚至传至院外引起整个地区婴儿的流行。流行开始的第1例多来自孕母分娩前后的腹泻，或宫颈存在大肠埃希杆菌新生儿在分娩过程中得到感染。
也可能在分娩后从母亲处得到感染，于生后1～6天发病，先传给婴儿室中附近的新生儿范围逐渐扩大成为流行另健康搜索一种传播方式是曾与流行性腹泻的新生儿有过直接或间接接触，伤寒 沙门菌也是流行性腹泻的重要病原鼠伤寒菌分布广泛，对人和某些动物都可引起疾病病愈后带菌率又高因此细菌来源多，发病率高腹泻的流行常来自孕妇或工作人员的带菌者或患者有报道工作人员的鼻腔也可带菌，经手的媒介传给新生儿因此在鼠伤寒发病率高的地方要特别注意新生儿腹泻的流行新生儿感染沙门菌后带菌率比儿童或成人要高因此新生儿患者腹泻控制后要多次作大便培养，至少连续3次阴性后方可出院。其他一些细菌如空肠弯曲菌耶尔森菌、产气单胞菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、志贺菌、产气杆菌嗜盐菌等也可引起新生儿腹泻。
2.病毒：轮状病毒是引起新生儿流行性腹泻 的最常见病原之一主要经粪口途径传播，健康成人可作为带毒者，已感染的新生儿也是重要感染原。轮状病毒在环境中较稳定，不易自然灭活可通过护理人员传播。也有报道轮状病毒可经过呼吸道、胎盘传播。但大便中找到轮状病毒，不可即认为是腹泻的病原，因正常大便中也可找到该病毒。?在流行中如大部分患儿大便中轮状病毒的核苷酸或基因构形相同方可认为是流行的病因。柯萨奇病毒、埃可病毒、肠道腺病毒等也可引起新生儿流行性腹泻。
3.真菌：长时间使用抗生素可继发真菌感染扁鹊网，以白色念珠菌较多见 4.寄生虫 滴虫、梨形鞭毛虫隐形孢子虫等也可引起新生儿流行性腹泻。
