奎宁过量时可发生血小板减少，敏感的人甚至小剂量即可出现血小板减少、血小板减少性紫癜或急性血管内溶血伴肾损害或肾衰。常见有耳鸣，连续长期应用可致永久性听力障碍。
[心血管系统]高度敏感的人长期应用正常量，或过量，心电图上可见QRS增宽、ST延长、T波改变、传导紊乱或室性心动过速。严重中毒者可发生循环虚脱。
[呼吸系统]可出现过敏性哮喘，奎宁中毒时可导致呼吸受抑制。
[神经系统]可出现头痛、耳鸣、眩晕，中毒可引起惊厥及昏迷。也可发生肌病。
[消化系统]常见有恶心，过量可致有腹痛及腹泻。1例发生肉芽肿性肝炎，表现为发热、恶心、呕吐及多关节痛。
[泌尿系统]奎宁中毒时可发生肾衰，可能由于循环衰竭之故。
[造血系统]可发生血小板减少，敏感的人甚至小剂量即可出现血小板减少、血小板减少性紫癜或急性血管内溶血伴肾损害或肾衰。应用奎宁治疗时可发生溶血性贫血，即过去所谓的黑水热。个别病例可发生粒细胞减少。
[内分泌、代谢]奎宁可致血糖降低，甚至发生低血糖症，同时血中胰岛素浓度升高。
[特殊器官]黑朦是最严重的不良反应，最明显的症状是视野缩小及视力丧失，停药后可恢复。在早期应用星状神经节封闭治疗黑朦有效。急性奎宁中毒时，首先出现瞳孔扩大，对光反应存在，个别病例的瞳孔可出现蠕动样运动，随后视力完全丧失，多数患者是一过性的，少数为永久性失明。
奎宁过量时常见有耳鸣，连续长期应用可致永久性听力障碍。
[皮肤]奎宁皮疹是过敏反应的表现，有发生对阳光过敏者。局部敷奎宁可发生接触性皮炎和对光过敏。
