嗜酸细胞性胃炎的病因不甚明确。一般认为是对外源性或内源性过敏原的变态反应所致。近半数患者个人或家族有哮喘。过敏性鼻炎。湿疹或荨麻疹病史；部分患者的症状可由某些食物如牛奶。蛋类。羊肉。海虾或某些药物诸如磺胺。痢特灵和消炎痛等诱发；某些病人摄食某些特异性食物后。血中IgE水平增高。并伴有相应的症状。因而认为本病与特殊食物过敏有关。
嗜酸细胞性胃肠炎鉴别诊断： 下列疾病应与本病作鉴别：
（一）寄生虫感染
周围血嗜酸粒细胞增多可见于钩虫血吸虫绦虫囊类圆线虫所致的寄生虫病各有其临床表。
（二）胃肠道癌肿与恶性淋巴瘤
也可有周围血嗜酸粒细胞增高但属继发性应有癌肿与淋巴瘤的其他表。
（三）嗜酸性肉芽肿
主要发生于胃大肠小肠呈局限性肿块病理组织检查为嗜酸性肉芽肿混于结缔组织基质中过敏史少见周围血中白细胞数及嗜酸性粒细胞常不增加。
（四）嗜酸粒细胞增多症
除周围血嗜酸粒细胞增高外病变不仅累及肠道还广泛累及其他实质器官如脑心肺肾等其病程短预后差常短期内死亡。
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